Nachdem einige seiner Freunde bei einem Überfall der WCKD-Truppen gefangen genommen wurden, führt Thomas (Dylan O'Brien) die Gruppe aus flüchtigen Auserwählten und Widerstandskämpfern auf ihrer letzten Mission an. Um ihre Freunde zu retten, müssen sie in die legendäre "Letzte Stadt" einbrechen, ein von WCKD kontrolliertes Labyrinth, das als Tödlichstes von allen gilt! Jeder, der es lebend verlässt, wird Antworten auf die Fragen erhalten, die sich die Auserwählten seit ihrer Ankunft im Labyrinth stellen.