Il fitoplancton è una pianta microscopica che galleggia liberamente e costituisce la componente fondamentale della catena alimentare acquatica. Le diatomee fanno parte del fitoplancton. Le diatomee sono presenti in quasi tutti gli ambienti acquatici e sono abbondanti nella maggior parte di essi. Sono sensibili alle variazioni della qualità dell'acqua e molti taxa hanno un optimum e una tolleranza ben sviluppati. Grazie ai loro brevi cicli cellulari, sono in grado di colonizzare rapidamente nuovi habitat, provocando cambiamenti nella loro comunità che rappresentano una risposta rapida ai cambiamenti ambientali. Il tempo di risposta delle diatomee è un utile intermedio tra il campionamento fisico-chimico immediato e quello poco frequente, dove i cambiamenti rapidi possono portare a fluttuazioni ecologiche significative. Le diatomee sono limitate nei loro spostamenti da un habitat all'altro, per cui o si trovano bene nell'ambiente in cui si trovano o non si trovano, per cui è più probabile che molte specie si trovino in habitat con parametri fisici e chimici specifici. Le diatomee sono sempre più richieste come indicatori biologici, poiché rispondono fortemente ai cambiamenti ambientali e integrano le risposte a una serie di inquinanti nei corpi idrici su diverse scale temporali e possono essere utilizzate per confrontare i cambiamenti relativi della qualità dell'acqua da un sito all'altro.