In der Stadt der Wissenschaft gibt es unzählige Esper mit übernatürlichen Fähigkeiten, doch der Pechvogel Touma gilt als Nullnummer unter ihnen. Als er auf das Mädchen Index trifft, erfährt er, dass sie 103.000 Zauberbücher gelesen hat und aufgrund ihres mächtigen Wissens von Magiern gejagt wird. In einer ihn nun völlig neuen Welt, beschließt er, Index zu beschützen und die verdrehten Ideologien seiner Feinde zu zerstören!